모히칸 족에 의해 자라난 호크아이(Hawkeye: 다니엘 데이-루이스 분)는 어렸을 때 살해당한 식민지 영국인의 아들로, 쇠망해가는 모히칸족의 추장 칭가치국(Chingachgook: 러셀 민스 분)과 그의 아들 웅카스(Uncas: 에릭 슈웨이그 분)에 의해 키워진다. 끊임없는 지도를 통한 삶으로부터 호크아이는 원주민들의 미덕과 기술을 배우게 된다. 영국과 프랑스 사이의 전쟁이 일어나자, 호크아이는 그 어느 쪽에도 완전히 속하지 않는 자신의 위치를 꺠닫게 된다. 땅과 부족을 잃은 칭가치국은 웅카스와 호크아이를 데리고 허드슨 계곡에서 덫사냥을 한 후에 칸-투-키(후일의 켄터키)로 가서 겨울을 지내면서 웅카스의 아내감을 찾는다. 그동안, 아버지를 찾아가는 코라 먼로(Cora Munro: 매들린 스토우 분)와 앨리스 먼로(Alice: 조디 메이 분)는 던칸 헤이워드(Heyward: 스티브 웨딩톤 분) 소령이 지휘하는 부대와 동행하면서 마구아(Magua: 웨스 스투디 분)라는 의심스러운 안내인을 따라 숲 속으로 들어간다. 프랑스편인 마구아는 그들을 함정으로 몰아넣고 먼로 자매는 호크아이, 웅카스, 칭가치국에게 구조된다. 그들의 목적지인 윌리암 헨리 요새로 가는 힘든 과정에서, 그후 며칠간 벌어지는 감동적이고 비극적인 사건들이 펼쳐진다.