거대 산업 문명이 붕괴하고 천녀의 세월이 지난 후, 지구는 황폐해진 대지와 썩은 바다로 뒤덮혀 있다. 설상가상으로 부해라고 불리는 유독한 독기를 내뿜는 균류의 숲이 확장되면서 인류 제2의 종말을 예고하고 있다.

바닷가에서 불어오는 바람과 더불어 자연을 지배하려 들지 않고 자연과 교감하며 공동체를 이루며 살아가는 나우시카와 마을 사람들은 퍼져가는 부해의 숲에 위협을 느끼면서도 나름대로의 생활을 영위해 나가고 있다.

그러던 어느날, 악명 높은 군사국인 '토르메키아'의 대형 비행선이 거대한 곤충들에게 습격을 당한 채 바람계곡에 추락하게 되고, 불타버린 비행선에는 괴상하게 생긴 붉은 색의 거대한 알만이 있었다. 마을 원로 유파는 그 알이 불의 7일 동안 지구의 모든 생명체를 태워버린 무시무시한 거신병의 알이고, 토르메키아는 그 거신병의 부활을 통해 지구상의 모든 포자식물과 곤충들을 불로 태워 다시 지구상에 자신들의 문명을 일으키려는 음모를 진행 중이었다는 얘기를 들려주는데...