러시아에서 발생한 내전을 틈타 구소련 강경파 군부지도자 라첸코(Vladimir Radchenko: 다니엘 본 바르겐 분)는 핵미사일 기지를 포함하여 군통수권 일부를 장악한 뒤 미국 본토를 위협하는 3차대전 시나리오를 구상 중이다. 미국방성은 라첸코가 핵미사일 암호를 수중에 넣기전에 그의 전쟁 의지를 제압해야 하는 위기에 빠진다. 마침내 램지 함장(Captain Frank Ramsey: 진 핵크만 분)의 지휘하에 핵잠수함 알라바마호의 출정이 시작되고 러시아의 핵미사일 기지 근해로 접근하던 중 러시아 잠수함의 어뢰 공격을 받게 된다. 적의 어뢰공격을 가까스로 피한 후 본국으로부터 핵미사일의 발사에 대한 단계적인 명령이 하달되기 시작한다. 핵미사일 발사명령이 차근차근 수행되지만 최종 발사명령을 남겨두고 예기치않은 통신 장비의 고장 사태가 발생한다. 램지 함장은 직권으로 핵미사일 발사를 명령하지만 국방성의 명령없이 핵미사일을 발사하게 되면 전세계를 제3차 세계대전의 소용돌이 속으로 빠뜨리게 된다는 판단 아래 부함장 헌터(Lt.CmDr. Hunter: 덴젤 워싱턴 분)가 함장과 부함장이 동시에 동의해야만 핵미사일을 발사할 수 있다는 규정을 들어 명령을 거부하고 램지함장의 지휘권을 박탈해버린다. 이 항명으로 램지 함장은 자신의 숙소에 감금되고 잠수함은 부함장 헌터의 지휘를 받게 된다. 그러던 중 러시아 잠수함으로부터 두번째 어뢰가 발사되고 알라바마호의 동체 일부가 파괴되면서 엔진이 정지되고 심해로 가라앉기 시작한다. 전 장병이 몰살될 수도 있는 극한 상황 속에서 함장의 뜻을 따르는 병사들은 감금된 함장을 풀어주고 오히려 부함장 헌터와 협조 세력들을 감금하는 반전을 일으킨다. 숨막힐 듯 전개되는 긴장 속에 반전과 갈등이 계속되지만, 이런 심각한 반목을 해결해줄 통신 장치의 수리는 지연되기만 하고 함장과 부함장의 두 세력은 최후의 충돌은 극을 향해 치닫게 된다.