신참 FBI 요원 클라리스 스털링(Clarice Starling: 조디 포스터 분)은 어느 날 상관 크로포드(Jack Crawford: 스콧 글렌 분)로부터 살인 사건을 추적토록 명령받는다. 그 살인사건은 피해자가 모두 몸집이 비대한 여인들이고 피부가 도려내어져 있다는 엽기적인 사건이었다. '버팔로 빌'이라고 별명이 붙여진 살인범에 대한 아무런 단서를 잡지 못한 채 전전긍긍해 있었다. 사건을 담당하고 있는 크로포드는 사건해결에 결정적인 도움이 될만한 사람을 알고 있었는데, 바로 한니발 렉터 박사(Dr. Hannibal 'The Cannibal' Lecter: 안소니 홉킨스 분)였다. 살인자의 심리를 알기 위해 이 괴인 한니발 렉터 박사를 찾아가는 스털링에게 상관 크로 포드는 한니발은 남의 마음을 읽는 독심술의 대가이니 그의 수법에 휘말려들지 말라고 경고한다. 하니발 렉터는 일명 '카니발(식인종) 한니발'이라고 알려진 흉악범으로 죽인 사람의 살을 뜯어먹는 흉측한 수법으로 자기 환자 아홉 명을 살해하고 정신 이상 범죄자 수감소에 수감 중이던 전직 정신과 의사였다. 두 남녀의 만남은 팽팽한 신경전 속에의 첫 만남. 렉터는 스털링과 처음 만나자마자 스털링의 체취와 옷차림, 그리고 간단한 말 몇 마디로 그녀의 출신과 배경을 간파해 그녀를 놀라게한다. 그러나 내색 않고 계속 정중히 대하며, 명석한 두뇌로 침착하고 조리있게 주어진 상황을 분석하는 스털링에게 렉터는 호감을 보여 대화에 응한다. 스털링은 대형방탄 유리를 두고 렉터와 대화를 해나가는 동안 공포감을 느끼면서도 탁월한 지식인의 완벽한 매너와 고상한 취미를 지닌 그에게 미묘한 매력을 느끼게 된다. 한편, 살인자의 범행은 전국을 공포속에 몰아넣고, 이런 상황을 파악하고 있는 렉터는 자신의 수감생활을 편하게 해달라는 조건을 내세우며 수사당국의 조바심을 부추긴다. 테네시주 연방상원의원의 딸 캐더린이 납치되면서 수사당국은 빗발치는 항의를 받게 되고, 범인의 체포에 전국의 관심이 쏠리게된다. 결국 범인의 정체를 알게 해준다는 조건으로 렉터는 테네시주 멤피스로 호송되고, 스털링은 수사에서 제외된다. 절박해진 수사당국과 사건을 의뢰받은 수사요원, 그리고 이들을 자기 페이스로 교묘히 끌고가는 정신과 의사 렉터의 팽팽한 신경전 속에서도 점차 사건의 실마리는 하나씩 풀려나간다. 범죄심리를 누구보다 잘 알고있는 렉터의 날카로운 분석과 추리에 범인의 정체와 거처를 알 수 있는 단서가 잡히기 시작한 것이다. 그러나 렉터는 쉽사리 해답을 주질 않는다. 그리고 렉터는 후송경관의 안피(顔皮)를 벗겨내는 끔찍한 사건을 저지르면서 탈출에 성공한다. 수사에서는 제외되었으나, 상원의원의 딸 캐더린을 죽기 전에 구출해야 된다는 집념에 사로잡힌 스털링은 홀로 수사를 계속하며, 렉터 박사와의 다급한 최종 대화에서 얻은 힌트로 범인의 은신처를 좁혀간다. 수사당국의 수색대가 허탕을 치고 있을 때 스털링은 범인의 집을 방문하고 집안을 날아다니는 나방을 목격, 진범을 확신한다. 범인은 스털링을 피해 집안으로 잠적해 버리고, 온통 애벌레와 나방들로 가득찬 범인의 은신처는 마치 지옥과도 같다. 결국 스털링은 숨막히는 범인과의 대결 끝에 범인을 살해하고, 무사히 캐더린을 구해낸다. 여성인쇄살인사건 해결 이후 훈련과정을 무사히 마친 스털링은 FBI로부터 졸업과 동시에 정식 수사관에 임명된다. 이때 렉터 박사로부터 축하의 전화를 받게 되는 스털링.