미해병 여단장 프란시스 허멜 장군(General Francis X. Hurmel: 에드 해리스 분)은 미정부를 상대로 '극비의 군사 작전을 수행하던 중 전사한 장병'들의 유가족에게 전쟁 퇴역 군인들과 동일한 보상을 보장해줄 것을 호소해 왔다. 그러나 그의 호소는 무시되거나 묵살되고 말았다. 이에 분노한 허멜 장군은 정의의 회복이란 명분으로 비밀리에 해병대 공수 특전단을 규합하여 과거 30년간 형무소로 악명높았던 알카트라즈섬을 장악하고 이 섬을 찾은 민간인 관광객 81명을 인질로 억류한다.

만일 정부차원의 보상이 즉각 시행되지 않을 경우 VX가스라는 치명적인 살상용 화학가스가 장착된 15기의 미사일이 샌프란시스코에 발사하겠다고 경고한다. 이들의 반란 야욕을 진압하고 샌프란시스코를 살릴 수 있는 유일한 희망으로 FBI는 생화학무기 전문가인 스탠리 굿스피드(Stanley Goodspeed: 니콜라스 케이지 분)를 발탁한다. 그리고 '더 록'이란 별칭의 알카트라즈를 탈옥한 유일한 생존자이자 현재 33년째 극비리에 복역 중인 죄수 존 메이슨(John Patrick Mason: 숀 코넬리 분)이 역침투의 척후병으로 발탁되어 세상의 빛을 보게 된다.

존 메이슨은 알카트라즈에 투옥되던 1962년 당시 영국 육군 정보부대인 SAS의 정보장교였다. 당시의 막강한 실권을 배경으로 FBI 후버 국장은 미국의 대통령을 포함하여 실세 정치인의 추잡한 스캔들은 물론 유럽, 특히 영국의 정치인들의 스캔들과 비밀까지 확보하여 정치적 월권을 휘두르고 있었다. 존 메이슨이 받은 특명은 바로 영국 정치인들의 비밀 자료를 훔쳐내는 공작이었다. 존 메이슨은 마이크로 필름 입수 도중 캐나다에서 체포되고 알카트라즈에 투옥되지만 다음해인 1963년, 탈출 도중 국경선에서 체포되었다. 어쨌든 존 메이슨의 도움으로 미해군 네이비 씰은 지하를 통한 알카트라즈 내부 침투 작전에 성공한다. 스탠리 굿스피드는 미사일에 장착된 미사일 작동 칩을 하나하나 제거해 나가기 시작한다. 그러나 불행하게도 침투 사실은 발각되고 마침내 공수 특전단과 네이비 씰의 정면격돌이 벌어진다.