"서기 2029년 LA, '심판의 날'이라 불리는 1997년 8월 29일의 핵전쟁 이후 소수 인류는 살아남았지만 생존자들은 또 다른 악몽인 기계들과의 전투를 시작해야만 했다. 기계들의 우두머리인 스카이넷은 저항군 사령관인 존 코너를 처치하기 위해 터미네이터를 보냈고, 간신히 터미네이터를 해치웠다. 이제 스카이넷은 어린 존 코너를 없애기 위해 더 강력해진 터미네이터를 보낸다. 그리고 존 코너 역시 과거의 자신을 지키기 위해 보호자를 보냈다. 문제는 그들 중 누가 먼저 오느냐는 것이다."
존을 처치하려는 1차 작전에 실패한 컴퓨터는 불사조나 다름없는 제2의 터미네이터를 1991년의 LA로 다시 파견한다. 그것은 인조 합금으로 이뤄진 보다 진보화된 액체 금속 인간인 모델 T-1000(T-1000: 로버트 패트릭 분)으로, 이때 존 역시 특사를 보내 자신과 자신의 어머니를 보호하게 한다. 존이 보낸 특사는 바로 전편의 사이보그 터미네이터 모델-101(The Terminator: 아놀드 슈왈츠네거 분)이다.