미용사인 프랭키 페이지(패트리샤 이퀘트 분)는 어머니가 해외여행에서 선물로 보내준 어느 신부의 묵주를 받은 후 그 징후가 나타나는데, 그녀는 종교가 없는 지극히 평범한 20대 초반의 여자였다. 때와 장소를 가리지 않고 찾아오는 '성흔'의 고통에 그녀는 병원으로 실려가 외과는 물론 정신과 치료를 받지만 그 원인에 대해서는 밝혀지지 않았다. 지하철에서 신부가 이를 비디오로 촬영하여 바티칸으로 보내게 되고, 바티칸은 사실 규명을 위하여 교회의 기적을 찾아 다니는 신부이자 과학자인 앤드류 키어난(가브리엘 번 분)을 파견한다. 앤드류 키어난은 그녀의 스크그마타 현상을 예수가 직접 복음이 있다는 사실을 알게 된다. 그 복음 내용은 현 교회체제를 전면적으로 거부하는 어마어마한 내용이었다. 바티칸은 이 내용을 철저히 은폐시켜왔던 것이다. 바티칸의 음모를 눈치챈 앤드류는 신이 보여주는 초자연적인 힘에 의해 고통을 받는 그녀를 구해야 한다는 생각이 앞서, 자신이 신부임에도 불구하고 바티칸과 충돌을 감행하는데.