달라스의 한 빌딩에서 이상한 폭발 사고가 발생한다. FBI의 특수 요원 멀더(데이빗 듀코브니 분)와 스컬리(질리안 앤더슨 분)는 폭발 사고를 조사하던 중 이해 할 수 없는 여러 의문점과 함께 알 수 없는 어떤 거대한 세력이 폭발 사고에 연류되어 있다는 사실을 감지하게 된다. 한편 텍사스 평원에서 한 아이가 땅속 구덩이 속으로 떨어지는 사고가 발생하는데 사고 후 아이의 생사와 존재에 대해서는 일체 알려지지 않았고, 사고 지점은 외부 세력으로부터 일반인에게서 격리된 채 무언가 알 수 없는 연구가 진행된다. 그러나 두 사람의 육감적인 느낌은 사건의 실마리를 얻게 되고 집요한 추적 끝에 은밀한 곳에서 외계인의 실체와 그들에게 감염된 사람들을 치료하기 위해 백신을 연구하는 시설을 발견하게 된다. 보이지 않는 세력에게 쫓기면서도 서로에게 의지하며 사건을 파헤치던 멀더와 스컬리는 점점 파트너 이상의 감정을 느끼게 되는데, 이때 거대한 벌떼의 습격으로 정신을 잃게된 스컬리는 정체 모를 집단에게 납치당한다. 이제부터 멀더는 스컬리의 생명을 구하고 정부의 감추어진 음모를 밝혀내야 하는 상황 속에서 멀더는 더 큰 음모와 위험한 모험 속으로 빠져들고 있음을 느낀다.

"인공 유전자". 프랑크 푸르트의 아이보리 연안. 원인 모를 기호들이 적혀있는 은빛 돌덩어리가 떠내려온다. 이상한 기운에 휩싸인 솔로몬 학자 - 예전에 자신이 갖고있던 같은 모양의 조각과 이를 맞춰보는데 톱니 바퀴 맞물리듯이 잘 맞춰질 뿐만 아니라 사정없이 돌아가는 것. 3일 후, 생물 연구소의 산도스를 찾아간 솔로몬. 비밀리에 갖고 왔던 의문의 조각들을 꺼낸다. 그러나 갑자기 생물 연구소의 원숭이들이 괴성을 지르는 등 한바탕 소동이 벌어진다. 며칠 후 솔로몬은 시체로 발견되는데. 한편 이 사건을 추적 중이던 멀더는 솔로몬이 남긴 메시지를 읽게 되는데 점차 시야가 가려질 뿐만 아니라 시름시름 앓게 된다. 의문의 덩어리가 에일리언과의 유전자조직이라는 것이 밝혀질수록 멀더는 더욱 이성을 잃어가고, 스컬리조차 아무런 방법을 찾지 못하는데.