미국 정부가 인공지진으로 적을 공격하는 비밀 병기 데스티니(D-E-S-T-I-N-Y)를 개발하면서 갑작스런 기상 이변과 재난이 발생한다. 원인은 지구의 핵(코어)이 회전을 멈춘 것. NASA측은 이대로라면 1년 안에 인류가 전멸하리라 판단하고 비밀리에 이 사태를 해결하기로 결정한다.
NASA측은 각각 최고의 능력을 보유한 6명의 대원을 차출한다. 조쉬를 비롯, 지구 물리학의 거두 콘라드 짐스키 박사와 무기 시스템 전문가인 서지 레베크 박사, 탐사선 버질 호를 설계한 브레즐턴 박사, 그리고 우주비행사인 아이버슨 사령관과 차일즈 소령 등이 엄청난 열과 압력에 견뎌낼 수 있는 탐사선에 핵폭탄을 싣고 지구의 중심으로 내려가 핵을 다시 회전시키는 인류 최대의 임무를 수행하게 된다.

하지만 지구의 핵으로 들어갈수록 뜻하지 않은 위험은 계속되고 그사이 지상에서는 계속 재난이 발생, 수많은 사상자가 속출한다. 버질 호의 대원들 역시 한 명씩 운명을 달리하고, 결국 짐스키는 지상 관제소에 프로젝트 포기 의사를 밝히고 데스티니 프로그램을 가동하라는 최후통첩을 내린다. 데스티니로 인해 코어의 회전이 멈췄으니, 그것이 다시 회전을 일으킬 수 있으리라는 것. 지상에선 데스티니 발사 준비에 들어가고 버질 호의 남은 대원들은 마지막까지 임무를 수행하기로 마음먹지만, 이들에겐 생명을 담보로 한 일생일대의 모험이 기다리고 있다.