젊지만 보수적인 그렉 신부(Father Greg Pilkington: 라이너스 로체 분)는 리버풀 빈민가에 위치하고 있는 새로운 교구에 위임된다. 거기서 매튜 신부(Father Matthew Thomas: 톰 윌킨슨 분)와 함께 지내게 되는데, 매튜는 교단의 보수주의와 형식주의에 항거하며 적극적인 포교 활동을 벌이는 인물이다. 게다가 독신의 맹세를 어기고 가정부와 연인 관계를 맺고 있는 매튜 신부. 그렉은 이런 매튜를 보며 혼란스러워진다. 교회와 하느님의 가르침에 회의를 느끼게 되는 그렉은 신부복을 벗고 들른 술집에서 우연히 그레이엄(Graham: 로버트 칼라일 분)을 만나 하룻 밤 깊은 사랑을 나눈다. 다음 날 아이들을 상대로 고해성사를 받던 그렉 신부는 어린 소녀 리사(Lisa Unsworth: 크리스틴 트레마코 분)로부터 의붓 아버지에게 성폭행을 당하고 있다는 고해를 듣게된다. 고통받는 리사를 구해줘야 한다는 생각을 하지만 고해성사는 절대 공개돼서는 안된다는 규율을 어길 수 없어 그렉은 고뇌하기 시작한다. 그리고 이 사실을 눈치 챈 리사의 아버지(Mr. Unsworth: 로버트 푸그 분)는 간섭하지 말라며 그렉을 협박한다. 어느 날 리사의 어머니(Mrs. Unsworth: 레슬리 샤프 분)는 자신의 남편이 리사를 성폭행하는 장면을 목격하게 되고, 그렉을 찾아와 이 사실을 미리 알고 있었으면서 아무것도 하지 않은 그렉을 원망한다. 자신의 무기력함에 괴로워하던 그렉은 그레이엄을 찾아가나, 두 사람의 연애 장면이 경찰에 적발되어, 다음날 그렉 신부가 동성애자라는 기사가 신문에 크게 실린다. 결국 자살을 시도하는 그렉. 그러나 그것은 수포로 돌아가고 주교는 그렉에게 근신을 명한다. 외딴 곳에서 근신 중이던 그렉에게 찾아온 매튜 신부는 그렉의 사랑이 죄스럽고 잘못된 것이 아니라며 그를 설득한다. 매튜의 설득으로 흔들리는 자신을 추스리고 다시 하나님 앞에 선 그렉은 성체의식 때 모든 교인들에게 용서를 구하지만 사제들과 신도들은 차갑게 그를 외면한다. 그러나 단 한 사람, 자신의 고해성사의 비밀을 지키기 위해 수많은 고뇌의 밤을 보냈던 그렉을 이해하는 리사만이 그에게 다가와 그를 감싸 안는다.