바이올린의 장인 부조티(Nicolo Bussotti: 카를로 세치 분)는 바이올린 하나 하나에 혼을 불어 넣으며 완벽한 바이올린을 만드는 명인이다. 그에게는 아름다운 아내 안나(Anna Bussotti: 에렌느 그레지오리 분)가 있고 이제 얼마 안 있으면 아빠가 될 행복한 남자였다. 안나는 자신과 아이의 미래가 궁금해 점을 보지만 무서운 이야기를 듣게 된다. 자신이 엄청난 고통을 겪는다는 것, 그리고 다시 태어난다는 이야기를. 마침내 부조티는 자기 생애 최고의 작품을 만들게 되고 곧 태어날 아이에게 그 바이올린을 주리라 마음먹고 기쁨에 넘치지만 아내와 아이는 산고를 못이겨 죽고 만다. 슬픔과 절망에 빠진 부조티는 바이올린을 완성시키는데. 알프스 아래 자리한 수도원. 이곳 아이들은 궁정으로 불려가게 될 날만의 바라며 바이올린을 배운다. 레드 바이올린은 이곳에서 몇 명의 주인을 걸쳐 열 살의 연약하고 어린 소년 캐스퍼(Kaspar Weiss: 크리스토프 콘즈 분)에게 맡겨진다. 캐스퍼는 놀라운 재능으로 궁정에 불려 가게 되지만 궁정오디션 중 갑작스런 심장발작을 일으켜 죽고 만다. 수도사들은 캐스퍼가 끔찍하게도 아끼던 레드 바이올린을 무덤에 함께 묻어준다. 캐스퍼의 무덤에서 파헤쳐저 다시 세상으로 나온 레드 바이올린은 마치 장난감처럼 아무에게나 맡겨져 진가를 발휘하지 못하고 몇 세대를 떠돌다 19세기 집시의 연주 소리에 매료된 포프(Frederick Pope: 제이슨 프레밍 분)의 손에 들어간다. 포프는 열정적이며 천재적인 바이올린 니스트. 그는 섹스를 하며 바이올린을 켜야만 악상이 완성되는 사람. 레드 바이올린은 파격적이며 정렬적인 그에게 사랑을 받지만 포프의 외도를 본 아내(그레타 스카키 분)에게 바이올린은 파손당하고 포프는 자살한다. 그리고 그의 시종의 손에 들어가 중국으르 건너간다. 서양 사상을 배운 사람은 숙청을 당하고 서양 악기들은 불살라 버리던 20세기 중국 문화혁명기. 바이올린 니스트인 어머니에게 레드 바이올린을 선물 받은 샹 페이(Xiang Pei: 장애가 분)는 소중히 간직하던 레드 바이올린을 혁명 속에서 살아남기 위해 음악 선생에게 맡긴다. 그리고 몇 십년 후 바이올린이 가득한 다락방에서 음악 선생은 운명을 하고 그가 간직했던 바이올린들이 세상에 모습을 드러낸다. 1999년 몬트리올의 한 경매장에 중국에서 의뢰한 바이올린들이 들어온다. 바이올린 감정가 모리츠(Charles Morritz: 사무엘 L. 잭슨 분)는 부조티의 작품으로 보이는 레드 바이올린을 발견한다. 상세하고 치밀한 감정 끝에 모리츠는 그 바이올린이 진품임을 알게 된다. 레드 바이올린의 완벽함에 감명을 받은 모리츠는 그 완벽한 사람의 심금을 울리는 비밀을 캐기 위해 철저한 조사를 의뢰하는데. 거기엔 너무나도 놀라운 비밀이 담겨져 있다.