목수인 나사렛 예수는 로마인들을 위해 십자가를 만든다. 한낱 목수에 불과하지만 그에게는 기적을 행하는 능력과 선천적으로 풍기는 고귀한 분위기가 있었다. 그런 이유로 3년 동안 악마의 유혹을 견디고 하느님의 시험에 들어야 하는 공생활에 접어들기 전에 열혈당의 주목을 받는다. 열혈당의 목적은 이스라엘의 독립을 무력으로 쟁취하는 것이었다. 이들은 '가롯 유다'를 예수에게 보내 열혈당 가입을 권유한다.

그러나 예수는 이에 응하지 않는다. 이스라엘 독립에는 찬성하지만, 다른 방법으로 독립을 이루고 싶었던 것이다. 그 방법은 사랑이었다. 유다는 이러한 예수의 모습에 감동 받아 그의 방식을 따르기로 한다. 그리고 예수가 공생활을 시작하자 그의 제자가 된다. 3년 후, 예수는 성서의 기록대로 십자가에 매달린다.
그러나 [예수의 마지막 유혹]이 문제가 되는 부분은 예수가 십자가에 매달린 후에 생긴다.

하나님이 보낸 수호천사라고 자칭하는 천사가 하나님의 명령이라며 예수에게 십자가에서 내려와서 보통인간으로 살아가라고 한다. 하늘의 천사들마저도 인간세상의 삶을 동경한다고 하며 예수를 유혹하자 천사의 말을 사실대로 믿은 예수는 마리아 막달레나와 결혼을 해 아이들까지 낳고 살면서 인간의 행복을 경험한다.
그러나 예수는 나이가 든 후, 죽어 가는 병상에서 그제서야 그것이 악마의 유혹이었음을 깨닫게 되는데..

미국 영화계의 살아있는 전설 마틴 스콜세지가 꿈꾸던 영화

엄격한 카톨릭 집안에서 태어나 한때 신부가 되고자 했던 마틴 스콜세지는 그리스도의 생애에 대한 영화 제작을 십 수년간 꿈꿨다. 그러다 제작비 마련으로 그 꿈을 이루게 된 것이다. 스콜세지는 특히 십자가에 못 박힌 그리스도의 죽음과 그리스도의 수난에서 이 영화가 만들어졌다고 생각하며 이 영화의 촬영이 끝났을 때 지향해 왔던 무언가를 마친 듯한 느낌이 들었다고 한다.

그는 헐리우드의 정형화된 신약성서의 굴레를 심각히 고려한 끝에 메시아의 진정한 의미를 되찾기 위해 그 구태의연한 껍질을 벗기기로 결심하고 이 영화를 감독한 것이다. 특히 신부가 되려고도 했던 감독의 종교적 구원과 내면의 갈등이 직접적으로 이 영화에서 드러난다.